Als het tweede-spoortraject vastloopt of dreigt te mislukken en er geen oplossing gevonden kan worden, kan er een deskundigenoordeel worden aangevraagd. Dit geldt ook als er twijfels zijn over de inspanningen die worden geleverd in het kader van de Wet Verbetering Poortwachter. Het is namelijk essentieel dat de werknemer instemt met het re-integratieplan, omdat hij dan verantwoordelijk kan worden gehouden voor de afgesproken inspanningen.
Als een werknemer bijvoorbeeld in het zieker wordt (of weer ziek wordt) of tijdelijk om andere redenen niet in staat is om te werken, wordt het tweede-spoortraject temporair onderbroken. De bedrijfsarts houdt in dergelijke situaties de vinger aan de pols en geeft aan wanneer de werknemer weer in staat is om te beginnen met re-integratie. De einddatum van het tweede-spoortraject blijft ongewijzigd.
